南太湖科技园所在地吴兴，位于长三角中心区域，是沪、杭、宁三大城市的共同腹地。地处长三角、环太湖和杭州湾的黄金交汇点，是连接长三角南北两翼、贯通长三角与中西部地区的重要节点。交通立体交织、四通八达，五路成网、四铁交汇、三流贯穿、两港联动。

从吴兴出发，可以在2小时经济半径内到达长三角16座主要城市。整个交通网络也可用“五四三二”来概括：

“五”是五路成网：G50沪渝、S12申嘉湖、G25长深三条高速加104、318国道。

“四”是四铁交汇：杭沪宁、合湖宁、湖苏沪三条高铁加宣杭铁路。经杭湖宁高铁有54个班次到北京、上海、济南、武汉等12个省会城市。其中北京4.5-5个小时，南京45分钟，杭州18分钟，到上海只需要30 分钟。

“三”是三流贯穿：长湖申、湖杭、湖嘉三级航道构成了国内第二大内河航运系统，年集装箱吞吐量18.5万标箱，通达全球2700多个港口和地区。

“二”是两港联动：周边的上海浦东、虹桥、杭州萧山、南京禄口等国际机场和上海、宁波、舟山、乍浦等国际港口均在1-2小时车程半径之内。